苗栗看守所創立於民國86年，在本所未設立之前，苗栗地區有關刑事犯罪之羈押、執行業務係由臺灣新竹地方法院暨檢察署發交臺灣新竹少年監獄、臺灣新竹看守所辦理。為配合臺灣苗栗地方法院暨檢察署之成立，法務部於80年間覓得本所現址土地辦理議價徵收，總面積約2.983公頃。

本所成立之主要任務為收容臺灣苗栗地方法院暨臺灣苗栗地方檢察署羈押之男、女被告，民事管收之男、女收容人，留置處分之男、女收容人。

為因應本地區法院判決確定發監執行受刑人不需長途押送至苗栗地區以外之監獄執行並方便家屬探視，以及協助疏解其他監獄人犯擁擠之問題，民國86年10月7日奉法務部核准附設「臺灣臺中監獄苗栗分監」，收容臺灣苗栗地方檢察署指揮執行刑期未滿5年之男性受刑人，復於100年起依據「法務部指定各監獄收容受刑人標準表」兼收刑期未滿7年之受刑人。

為配合毒品危害防制條例及觀察勒戒處分條例於87年5月20日施行，本所於成立「臺灣苗栗看守所附設觀察勒戒處所」，辦理臺灣苗栗地方法院暨檢察署裁定觀察勒戒處分之受處分人之觀察勒戒收容業務，迄至100年10月1日起本所觀察勒戒業務移至專責戒治所辦理。

另為貫徹執行防制青少年犯罪，落實少年觀護功能，於民國87年7月1日奉行政院核定成立「臺灣苗栗少年觀護所」，並由本所兼辦行政業務及收容刑事事件、保護事件之少年。

民國100年1月1日起，本所依據「法務部矯正署組織法」改隸於法務部矯正署，機關名稱更改為「法務部矯正署苗栗看守所」，並與「法務部矯正署苗栗少年觀護所」合署辦公。